Jægersborg Boldklub blev stiftet 9. juni 1949 i Menighedshuset på Vældegårdsvej, Gentofte, af Erik Bergquist, Arne Søgaard, Børge Andersen, Karl K. Kristensen og Christian Gydesen som boldklubben BK Stadion. Klubben startede i SBU-regi, men blev i 1950 indmeldt i KBU. Navnet blev først ændret til det nuværende i 1969.

Fra starten i 1949 blev der dyrket fodbold (for mænd) og damehåndbold. Sidstnævnte stoppede i 1955 og først 50 år senere i 2005 kom damefodbold på programmet

Klubben holdt til på Gentofte Stadion på adressen Ved Stadion 6 i perioden 1949-1981 hvorefter man flyttede over på den modsatte side af træningsbanerne og ind i den ombyggede varmecentral på den nuværende adresse C.L. Ibsensvej 70.

I 2008 istandsattes klubhuset gennemgribende, og i efteråret 2009 kunne man indvie en ny ca. 300 kvm udvidelse af klubhuset indeholdende flere omklædningsrum.

Året 2009 sluttede med to flotte kåringer. Først af KBU som Årets Københavnske Breddeklub, hvorpå fulgte DBU-hæderen som Årets Danske Breddeklub ifm. den TV2-transmitterede Dansk Fodbold Award 2009.

I 2012 indgik Jægersborg et samarbejde med Herlev Futsal Forening under navnet 'JB Futsal Gentofte'. I 2016 blev det til en formel fusion, og 'JB Futsal Gentofte' var indtil 31/12 2017 en afdeling i Jægersborg Boldklub. Futsal er en særlig form for indendørs fodbold og 'JB Futsal Gentofte' som vandt DM i 2013, 2015, 2016, 2018 og 2019 er et af de absolut stærkeste hold i Danmark.